Após a criação do curso de Graduação em Oceanografia em 2000, o antigo Departamento de Ecologia e Recursos Naturais sentiu a necessidade de criar uma pós-graduação que pudesse qualificar não só os alunos egressos do curso, mas também profissionais e alunos de outras instituições de ensino superior do país. Em 2007 foi então criado o Programa de Pós-Graduação em Oceanografia Ambiental (PPGOAM), mestrado e doutorado, aprovados com conceito 4 da CAPES.
O PPPGOAM visa qualificar profissionais com perfil acadêmico que tenham visão científica e consistente da estrutura e funcionamento dos sistemas ambientais costeiros e marinhos nos seus aspectos físicos, químicos, geológicos e biológicos e, ao mesmo tempo, uma visão holística da relação destes aspectos com as atividades científicas e tecnológicas.